在距今4000年以前，楚雄境内先民多已进入新石器时代。现代考古发掘证明新石器文化遗址在楚雄州各县均有发现，并以元谋、永仁、禄丰等县最为集中，其中最具代表性的是元谋大墩子和永仁菜园子。

　　元谋大墩子新石器文化遗址位于元谋盆地莲花村东南河岸高地。1972一1973年，考古工作者先后在此进行了两次较大规模的发掘，收获甚丰。发掘面约500平方米左右，所发掘的遗址分布在一条已经干涸的河床旁边的高地上。根据地层堆积与出土文物分析，大墩子新石器文化可分为早晚两期。其文化层共两段，第3一6层为晚期居住遗存，第7一9层为早期居住遗存。早、晚两期出土物差异不明显，属同一文化相互联接的两个发展阶段。根据中国科学院考古工作者进行碳十四测定，时间为距今3210 ±　90年，相当于商代的晚期。

　　永仁菜园子新石器文化遗址位于永仁县城西南，共有3个文化层，出士物有炭屑、果仁、骨器、石器、陶器、陶纺轮等。距地表1·2米处有半地穴式圆形住房，并有用火痕迹。据测定，距今为3400±500年，稍早于大墩子文化遗址。

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